(一) 按目鏡鏡筒的數量可分為單目型、雙目型和三目型顯微鏡。

單目一般價格就較為便宜，生產工藝簡單，可以中學生或者初學者培養興趣使用，雙目價格稍微稍貴點，觀察的時候可以兩眼同時觀察，舒適度較高；三目比雙目的又增加一目，它的作用主要是連接工業相機配合電腦拍照使用或者連接數碼相機直接拍照使用，適合工作時間較長的研究人員。

(二)根據用途以及使用領域分為生物顯微鏡、金相顯微鏡、偏光顯微鏡、體視顯微鏡等。

1、生物顯微鏡是比較常見的一種光學顯微鏡，在很多實驗室中都能夠看到，主要用于觀察生物切片組織、生物細胞、細菌群落以及活體組織培養的觀察和研究，同時可以用來觀察其他透明或者半透明物體。生物顯微鏡可供教育機構、科研機構、衛生部門、養殖業等用于微生物、細胞、細菌、組織培養等一系列的觀察，可以觀察到細胞、細菌等在培養液中連續繁殖分裂的過程等。

2、體視顯微鏡又名體式顯微鏡，是一款可以有立體感正像的目視儀器，廣泛的應用于生物研究學、醫學檢測、農林養殖等。它具有獨特完整的光路，所以觀察時物體能夠呈現立體感。主要用途有：①作為動物學、植物學、昆蟲學、組織學、養殖學等領域的研究和解剖工具。②紡織業中對于原料及棉毛織物的初步檢驗。③在電子加工業，做晶體部件的裝配工具。④對各種材料表面腐蝕后氣孔形狀的檢查。⑤對文見貨幣紙幣的真假判斷。⑥透鏡、棱鏡以及其它透明材質物體的表面質量，以及精密刻度的質量檢測等。

3、金相顯微鏡主要是用來鑒定和分析金屬內部結構組織，是金屬學研究金相內部組織分析的重要儀器，是工業部門鑒定產品質量的必備設備，專門用于觀察金屬組織和礦物巖相的顯微鏡。這些不透明物體不能在常規的透射光顯微鏡中進行觀察，所以金相顯微鏡和普通顯微鏡的異同點在于前者以反射光，而后者是以透射光作為照明系統的。可以用來鑒別和分析各種金屬、合金材料、非金屬材料的內部組織結構以及集成電路、微顆粒、線材、纖維、表面噴涂等涂層狀態，金相顯微鏡還廣泛地應用在電子加工、化工和儀器儀表生產用來觀察不透明的物質和透明的物質。如金屬、陶瓷、集成電路、電子芯片、印刷電路板、液晶板、薄膜、粉末、碳粉、線材、纖維、鍍涂層，在金相顯微鏡中照明光束從物鏡方向射到被觀察物體表面，被物體表面反射后再返回物鏡成像。所以用金相顯微鏡用于金屬內部的組織檢驗分析在工業生產中是十分重要的。

(三)按光學成像元理可分為：偏光、相差和微分干涉顯微鏡等。

1、偏光顯微鏡對于具有雙折射性的物質都能分辨的很清楚，當然這些物質也可以通過染色法來進行觀察，但是有一些物質不可能這樣觀察，就必須通過偏光顯微鏡進行觀察了。主要用在研究透明與不透明材料的各向異性。一般具有雙折射的物質都可以用這種顯微鏡進行觀察。晶體的基本特性就是具有雙折射性。因此，偏光顯微鏡通常用于礦物、化學等領域。在植物病理上，病菌的入侵，常引起組織內化學特性的改變，可以使用偏光顯微鏡進行鑒別。在動物學方面，常利用偏光顯微鏡來鑒別骨骷、牙齒、膽固醇、神經纖維、腫瘤細胞、橫紋肌和毛發等。2、相襯顯微鏡又名相差顯微鏡，它的優點就是可以觀察未經染色的標本和活細胞。這些樣品在普通的顯微鏡下是觀察不到的，相差顯微鏡利用物體不同結構成分之間的折射率和厚度的差異，把通過物體不同部分的光呈差變為振幅差，經過帶有環狀光闌的聚光鏡和帶有相位片的相差物鏡來實現觀測，簡單的說它利用的是樣品密度差別產生的反差來進行觀察的，所以樣品不染色也可以顯微觀察，這給活體細胞的觀察提供了很大的便利，因此相襯顯微鏡檢法比較廣泛的應用在倒置顯微鏡中。“相襯物鏡”具有相板，外殼上標注有”Ph”字樣。相襯顯微法是一種光學信息處理方法，同時也是最早的信息處理的成果之一，因此在光學的發展史上具有里程碑的意義。

3、微分干涉顯微鏡檢測方法產生于60年代，它不僅能觀察直接無色透明的物體，而且圖像立體感類似浮雕狀，并具有相襯顯微鏡所不具備的某些優點，觀察效果較為逼真。

(四)按照光源的類型可分為普通光源、熒光光源和激光等。

1、普通光顯微鏡使用的就是普通光源，一般為鹵素燈和LED冷光源。

2、熒光顯微鏡的光源一般是紫外線，通常是照射被檢物體表面(落射式)，使它發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形態結構及其所在位置。細胞組織內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等研究都需要使用到熒光顯微鏡。

3、激光供聚焦掃描顯微鏡，使用激光做為掃描光源，逐點、逐行、逐面快速掃描成像。因為激光束的波長較短，光束很細，所以共焦激光掃描顯微鏡有較高的分辨力，大約是普通光學顯微鏡的3倍。

(五)按照顯微鏡物鏡與載物臺的位置關系可以分正置和倒置顯微鏡

倒置顯微鏡是為了滿足生物學、醫學等研究中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察的需要。由于上述樣品的特殊性，被檢樣品必需放置在培養皿(或培養瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡以及聚光鏡的工作距離要足夠長，可以對于培養皿中的被檢樣品直接進行顯微觀察和研究。因此把物鏡、聚光鏡和光源的位置全都顛倒設計，所以將它叫做”倒置顯微鏡”。倒置顯微鏡一般用于無色透明的活體培養的觀察。如果用戶使用需求特殊，也可以加配其它附件，實現微分干涉、熒光觀察及簡易偏光觀察的需要。倒置顯微鏡由于制作要求更高，其價格相比較其他的顯微鏡也要貴一點。目前倒置顯微鏡廣泛使用在patch-clamp(膜片鉗),支原體衣原體病理分析等領域。

(六)數碼顯微鏡

數碼顯微鏡又被稱作視頻顯微鏡，它是將顯微鏡目視看到的實物圖像通過數字轉換，使圖像呈現在計算機上。數碼顯微鏡是將光學顯微鏡成像技術、先進的光電數字轉換技術、電腦完美地結合在一起而誕生一項高科技產品。因此我們對微觀領域的研究從傳統的普通的雙目觀察轉化到通過屏幕顯示觀察。數碼顯微鏡在觀察物體時能產生正立的三維空間影像。立體感強，成像清晰和寬闊，并且具有較長工作距離，是一款使用范圍非常廣泛的常規顯微鏡。它操作方便、直觀、檢定效率高,適合用于電子加工業生產線的檢驗、印刷線路板的抽檢、印刷電路元器件中出現的焊接缺陷(印刷錯位、塌邊等)的檢定、單板PC的檢定、真空熒光顯示屏VFD的檢定等等,它能夠將實物的圖像放大后顯示在屏幕上，方便將圖片保存并打印。